烟台港历史悠久，早在春秋时期，就是我国南北洋航线上的停泊点。自唐朝开始，烟台港成为中国海上丝绸之路的起点。元代漕运兴盛，南粮北运，烟台港成为海漕航线上的中继港。清道光年间，海禁废除，港口贸易有所发展。 

第二次鸦片战争后，根据不平等的《天津条约》，清政府于1861年8月22日被迫开放烟台港，同时设立了管辖烟台港的权利机构—东海关。

1913年5月作为港口建设和维修管理机构的烟台海坝工程会成立，海坝工程会由东海关监督、海关税务司、外国驻烟领事团代表、中西两商会会长共5人组成，内设秘书会计科、工务科、捐台三机构，名义属海关领导实权则操于外国人控制的海关税务司手中。1938年2月日本帝国主义侵占烟台，9月11日日驻烟海军解散海坝工程会，成立伪港务局。1945年8月日本帝国主义投降，八路军8月24日解放烟台，烟台港回到人民手中，海坝工程会恢复名称，仍属海关领导。1947年海坝工程会改称海坝工程所，后又改为海关港务课。1947年9月中国人民解放军撤出烟 台，烟台港被国民党军占领。

1948年10月中国人民解放军二次解放烟台，原海关港务课改称海关港务股，属海关领导。1949年4月6日由海关港务股组成烟台港务处，内设秘书、工程、材料三个课，直属烟台进出口管理局领导。1950年初，中央人民政府发布了关于统一港航管理的指示，4月20日烟台港务处划归青岛区航务局领导，烟台港务处易名为“青岛区航务局烟台分局”，同年10月又更名为“青岛区港务管理局烟台分局”。新中国成立前后的一段时间，烟台港务处以及烟台分局的性质是港口的管理机关。到1953年1月1日，奉交通部“各港原不属港方领导之码头装卸工人，由港方统一接收领导”的指示，烟台港务分局正式接收搬运公司装卸工人881名，从此烟台港务分局有了装卸业务。1958年6月中共中央批转交 通、铁道等四部关于体制下放的报告，决定将沿海港口下放所在地方政府领导，烟台港务分局自10月1日起与烟台航运办事处合并，1959年2月移交地方的烟台港正式定名为“山东省烟台专署海运局”。1961年1月，根据交通部收回10个港口的指示，烟台港收归交通部直接管理，并将烟台专署海运局改名为“烟台港务管理局”，业务仍由青岛港代管。文革期间烟台港曾用过“烟台港革命委员会”、“烟台港务局革命委员会”的名称。1977年4月，由青岛港代管的烟台港，改由交通部直接领导，为交通部直属企业。1978年6月，烟台港务局革命委员会取消，改称“交通部烟台港务管理局”。1983年8月，烟台港务管理局由县团级升格为局级单位（相当地师级）。1987年2月烟台港再次下放地方，实行地方和 交通部双重领导以地方为主的体制，烟台港务管理局更名为“烟台港务局”。原烟台港务管理局所属的烟台港务监督扩编为“交通部烟台海上安全监督局”直属交通部领导。1994年10月山东省人民政府批复同意烟台港务局为大型一类企业。2001年11月23日，国务院办公厅转发交通部等部门《关于深化中央直属和双重领导港口管理体制改革的意见》的通知，要求由中央管理以及中央与地方政府双重领导的港口全部下放地方管理。2002年7月26日，山东省政府办公厅下发《关于深化全省港航管理体制改革的意见》，将双重领导的烟台港与省属的龙口港、蓬莱港、长岛港、海庙港、凤城港、省烟台国际海运总公司、渤海轮渡有限公司于8月1日起下放烟台市管理，人员成建制移交。2003年1月25 日，山东省交通厅、烟台市政府对烟台港进行了交接。2004年9月15日， 经烟台市人民政府研究决定，将烟台港组建为烟台港集团有限公司，同时撤销烟台港务局。烟台港由非公司制企业转变为公司制企业。